Además ayuda a diagnosticar: Colelitiasis (sobre todo microlitiasis), Coledocolitiasis, cáncer gástrico, de esófago, de páncreas, de recto, pancreatitis crónica y sus complicaciones, así como realizar un estudio etiológico de la pancreatitis aguda idiopática.

Tal y como señalan desde el servicio de Aparato Digestivo del Hospital Universitari General de Catalunya, el paciente debe realizar una preparación mínima: estar en ayunas en las exploraciones del tramo digestivo alto y la aplicación de un enema si son de recto o sigma. Se acostumbra a realizar bajo sedación.