El gluten es la sustancia responsable de la enfermedad, y entre sus componentes es la gliadina la fracción tóxica. Esta sustancia existe en el trigo, el centeno, la cebada y la avena, en cambio, el maíz y el arroz carecen de ella. La lesión intestinal se caracteriza por atrofia de las vellosidades intestinales e hiperplasia de las criptas. Esta atrofia de las vellosidades intestinales da lugar a una importante disminución de la superficie absortiva del intestino delgado.
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